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焦磷酸测序技术在遗传性聋基因筛查中的应用

Pyrosequencing SNP and Allele Frequency Quantification in Genetic Screening for Hereditary Hearing Impairment Patients

陈垲钿;宗凌;杜进涛;周蔚;姜鸿彦;

1:中山大学附属第一医院耳鼻咽喉科医院

2:中山大学耳鼻咽喉科学研究所

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摘要

目的研究焦磷酸测序(Pyrosequencing)单样本及多样本混合测序方法在遗传性聋基因筛查中的可行性及适用性。方法利用焦磷酸测序遗传分析检测系统,选择遗传性聋常见突变位点SLC26A4IVS7-2A>G及少见的突变位点GJB3 538C>T、547G>A,分别对100例经过Sanger测序法验证的遗传性聋病例DNA样本进行单个样本和多样本混合的位点突变频率定量,分析两种方法的相关性,并进一步制定针对耳聋常见突变位点的焦磷酸测序技术筛查的标准曲线。结果焦磷酸测序技术SNP与Sanger测序法结果一致(N=100),准确率为100%。焦磷酸测序技术对SLC26A4IVS7-2A位点突变位点频率相对荧光比值与实际基因突变频率(Sanger测序法)存在线性相关(r=0.994,P<0.01),实际突变频率x与相对荧光比值y的线性关系为y=6.984+0.861x。焦磷酸测序技术DNA池的相对荧光比值的均值与对应DNA池中样本的个体相对荧光比值的平均值存在线性相关(r=0.892,P<0.01),实际突变率y与DNA池突变率x的线性关系为y=-0.003+0.801x。同时,焦磷酸测序技术对突变频率低的GJB3 538C>T、547G>A突变位点的频率定量分析显示,混合样本的筛查突变率和实际突变率较一致(实际突变率均数与定量值差异95%CI范围为-3.07%～-1.35%)。结论焦磷酸测序技术单样本及多样本混合测序方法在遗传性聋基因筛查中具有可行性,适用于进一步开展耳聋相关基因的大规模筛查研究。

关键词

焦磷酸测序;位点频率定量;遗传性聋;SLC26A4;GJB3

基金项目(Foundation):

国家基础科学研究973项目(2011CB504502);; 国家自然基金项目(30973306);; 广东省重点自然基金项目(8251008901000016)联合资助

作者

陈垲钿;宗凌;杜进涛;周蔚;姜鸿彦;

参考文献

1 Liu XZ,Xia XJ,Ke XM,et al.The prevalence of connexin 26(GJB2)mutations in the Chinese population[J].Hum Genet,2002,111:394.

2 Dai P,Yu F,Han B,et al.The prevalence of the 235delC GJB2mutation in a Chinese deaf population[J].Genet Med,2007,9:283.

3 Guo YF,Liu XW,Guan J,et al.GJB2,SLC26A4and mito-chondrial DNA A1555G mutations in prelingual deafness in northern chinese subjects[J].Acta Otolaryngol,2008,128:297.

4戴朴,于飞,韩冰,等.中国不同地区和种族重度感音神经性聋群体热点突变的分布和频率研究[J].中华耳鼻咽喉头颈外科杂志,2007,42:804.

5 Ferraris A,Rappaport E,Santacroce R,et al.Pyrosequencing for detection of mutations in the connexin 26(GJB2)and mito-chondrial 12SRNA(MTRNR1)genes associated with heredi-tary hearing loss[J].Hum Mutat,2002,20:312.

6 Bai Y,Wang Z,Dai W,et al.A six-generation Chinese fam-ily in haplogroup B4C1Cexhibits high penetrance of 1555A>G-induced hearing loss[J].BMC Med Genet,2010,11:129.

7 Nam SI,Yu GI,Kim HJ,et al.A polymorphism at-16072Gin the matrix metalloproteinase-1(MMP-1)increased risk of sudden deafness in korean population but not at-519A/G in MMP-1[J].Laryngoscope,2011,121:171.

8 Lavebratt C,Sengul S.Single nucleotide polymorphism(SNP)allele frequency estimation in DNA pools using pyrosequencing[J].Nat Protoc,2006,1:2 573.

9 Lavebratt C,Sengul S,Jansson M,et al.Pyrosequencing-based SNP allele frequency estimation in DNA pools[J].Hum Mutation,2004,23:92.

10 Gruber JD,Colligan PB,Wolford JK.Estimation of single nucleotide polymorphism allele frequency in DNA pools by u-sing Pyrosequencing[J].Hum Genet,2002,110:395.

11 Wasson J,Skolnick G,Love-Gregory L,et al.Assessing allele frequencies of single nucleotide polymorphisms in DNA pools by pyrosequencing technology[J].Bio Techniques,2002,32:1 144.

12 Neve B,Froguel P,Corset L,et al.Rapid SNP allele fre-quency determination in genomic DNA pools by Pyrosequenc-ing[J].Bio Techniques,2002,32:1 138.

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